Michael Scofield, un brillant ingénieur sans aucun antécédent judiciaire, attaque à main armée une banque de son quartier, puis refuse de se défendre au cours de son procès. Condamné, Michael est incarcéré dans la prison d'État Fox River. Il y retrouve son frère ainé, Lincoln, condamné pour meurtre et actuellement dans le couloir de la mort. Michael explique à son frère qu'il n'est pas venu seulement pour le soutenir, mais pour organiser leur évasion.